Come si effettua il test genomico
I profili di espressione genica possono essere ottenuti attraverso vari tipi di analisi tra cui le più diffuse sono:
- DNA Microarrays
- RNA-seq
- qPCR
Ognuna di queste tecniche ha specifiche peculiarità, ma tutte partono da due tappe fondamentali:
- l’estrazione di RNA totale dal materiale biologico di interesse;
- la conversione di RNA in complementary DNA (cDNA), ovvero la molecola di DNA a filamento singolo che viene prodotta sullo stampo di RNA a opera dell’enzima trascrittasi inversa.
La creazione di una libreria di cDNA è un passo fondamentale nel profilo di espressione genica.
Lo sviluppo di High-Throughput Next Generation Sequencing (sequenziamento di nuova generazione -NGS- ad alto rendimento) ha rivoluzionato il profilo dell’espressione genica. NGS offre la capacità di sequenziare gli acidi ribonucleici attraverso il sequenziamento del cDNA (RNA-seq) in modalità alto rendimento. Al termine dell’analisi, il livello di espressione di ciascun gene viene stimato contando il numero di letture che si allineano a ciascuna trascrizione integrale dello specifico RNA (cDNA).
La tecnica di qPCR è utilizzata per quantificare l’espressione genica: in tal modo, uno specifico target o biomarcatore può essere valutato sia in fase diagnostica o in seguito, durante il follow-up, per verificare l’efficacia della terapia.
I test che profilano l’espressione genica analizzano una serie di geni diversi all’interno delle cellule tumorali per prevedere il rischio di recidiva del tumore.
I risultati aiutano gli specialisti, in particolare gli oncologi, a valutare nelle donne con carcinoma mammario operato, in fase iniziale, con recettori ormonali positivi e HER2-negativo, la prognosi e la probabilità di trarre beneficio dall’aggiunta della chemioterapia adiuvante all’ormonoterapia.
I test oggi disponibili sono intercambiabili?
Sono oggi disponibili in commercio principalmente cinque test di analisi dei profili di espressione genica nel carcinoma mammario, tutti eseguibili a partire da tessuto paraffinato.
Nonostante tutti i test abbiano ottenuto una robusta validazione analitica e clinica, confermando la capacità di discrimine del rischio di recidiva sulla popolazione in esame, il confronto diretto tra test su casi individuali ha rivelato solo un modesto grado di concordanza. Per questo i test non possono essere considerati intercambiabili.
D’altra parte, queste firme misurano l’espressione di geni diversi, utilizzano tecnologie distinte e hanno differenti scale per stratificare il rischio dei pazienti. Questa variabilità può essere una sfida per una gestione ottimale a livello individuale e uno stesso paziente può essere assegnato a un diverso gruppo di rischio, secondo i differenti test, ricevendo così differenti trattamenti adiuvanti. Quindi, il clinico deve conoscere bene il test che sia appresta ad usare e l’uso di ogni analisi dovrebbe essere limitato al contesto clinico in cui è stato convalidato.
